Seorang detektif swasta yang sekolah di SMU Teitan bernama Sinichi Kudo telah banyak membantu polisi untuk memecahkan berbagai kasus. Dari mulai kasus pembunuhan, pencurian ataupun penculikan. Suatu ketika ketika Shinici Kudo pergi kencan dengan pacarnya Ran Mouri, mereka menyelesaikan sebuah kasus pembunuhan yang terjadi di taman hiburan. Dan salah satu tersangkanya adalah 2 orang berjubah hitam yang diketahui bernama Gin dan Vodka.
Kemudian setelah memecahkan kasus itu, Sinichi mengikuti dua orang tersebut. Dan dia pun akhirnya diketahui dan dipukul sampai pingsan. Saat itulah 2 orang misterius itu memberikannya obat aneh, yang diketahui namanya adalah Apotoxin-4869 (APTX-4869). Dan ketika Sinichi siuman tubuhnya diketahui telah menyusut menjadi seorang anak kecil. Polisi yang menemukannya menyerahkannya kepada tetangganya yaitu profesor Aghasa. Profesor Aghasa tidak percaya begitu saja, sampai dia kemudian diyakinkan kalau itu adalah Sinichi.
Kemudian di saat Ran Mouri berkunjung ke rumah keluarga Kudo. Ia mendapati Sinichi kecil sedang mencari-cari sesuatu, dan ketika ditanya namanya Sinichi tahu kalau ia belum punya nama. Akhirnya ia mengambil nama dari 2 Novelist ternama yaitu Sir Arthur Conan Doyle (pengarang novel terkenal Sherlock Holmes) dan Edogawa Rampo. Jadilah dia akhirnya Conan Edogawa.
Dengan berbekal kemampuannya sebagai detektif, iapun diberi peralatan canggih oleh Profesor Aghasa, seperti dasi pengubah suara, jam serbaguna, skateboard energi matahari, anting telepon dan sepatu super. Ia pun meminta keluarga Mouri untuk dititipkan di sana. Sehingga ia bisa menggunakan detektif Mouri sebagai tempat ia untuk memecahkan kasus, sambil perlahan-lahan ia menelusuri benang merah tentang keberadaan organisasi "orang-orang berjubah hitam" yang telah menyusutkan tubuhnya.
Di pertengahan cerita nantinya ia akan mendapatkan teman baru, selain teman-teman sekolahnya. Yaitu Ai Haibara code namenya Sherry. Tidak diketahui banyak mengenai dirinya selain kakaknya yang telah dibunuh oleh organisasi hitam tersebut. Dan Conan beserta dirinya bahu membahu untuk menemukan penawar dan sekaligus menghancurkan organisasi hitam tersebut.
Selain bumbu cerita action dan romance, ada side story lainnya, yaitu munculnya karakter Kaito Kid yang kemudian Aoyama Gosho sendiri membuat manganya di Star Jump, dan sudah masuk ke Indonesia, hak ciptanya dipegang oleh PT. Elex Media Komputindo, sekaligus yang menerbitkan Detective Conan ke dalam bahasa Indonesia. Kisah ini pun masih terus berlanjut.